《恶魔的谜语》故事舞台设定在一个名为“10年黑组”的全住宿制女子高中的班级,这个可是这种痛苦并不是他想出现就会出现的,而这次,他完全没有心理准备,这种感觉却是再次很突然地袭来。班级里的12名学生都是由暗杀者构成的,她们全都瞄准了她们的同学——一之濑晴的姓命。即使她的姓命被众多人觊觎,一之濑晴依然发誓一定要活着毕业。另一方面,同样也是准备夺取一之濑晴姓命的暗杀者——转校生东兔角却在一次次接近对方时,渐渐地被晴所吸引。在同学们对晴展开攻击之时,兔角则以保护者的姿态与她们开始了战斗。