人类文明进入动乱的时代，地球笼罩在战火之下，各大主要城市相继沦陷，人类四散而逃，血流成河。虽然星野铁郎（野沢雅子 配音）破坏了机械化星球，但是机器人与人类的战争仍在继续，并且人类已经到了生死存亡的危急时刻。正值紧要关头，铁郎得到来自梅蒂尔（池田昌子 配音）的信息，要他重新搭乘银河铁道999号。在一众战友的帮助下，铁郎穿过一道道火线，经过几番周折，终于登上了久违的银河铁道999号，重新开始了一段漫长、孤独而又充满惊险的宇宙旅程……当陈源的目光从卫凤娇脸上扫过的时候，卫凤娇给了他一个温柔的微笑，如果刚才没有听到她那句话，那么她此时这个笑容一定能让陈源的心跳加快，继而会坚定答应卫柱国要求的心，但此时看到她这个温柔的笑容，却坚定了陈源相反的心理。
